病案首页数据清洗与挖掘

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病案首页数据清洗与挖掘内容提要•病案首页数据概述•数据清洗•数据挖掘•大数据时代的病案数据挖掘病案首页数据概述•数据内容:按卫计统4-1表,含270个字段•EMR服务厂商超过360家(2017)•国家库数据存储:Oracle数据库•数据量:7千万余条,存贮量约200GB(2015)•数据库格式:因不同机构上报数据格式兼容问题,所有字段均设为字符串格式,此数据无法直接分析使用数据清洗工作程序•1逻辑检查•2确定逻辑错误更正规则•3编写逻辑错误更正程序•4重建可供分析的数据库技术路线:•使用SQL语言拆分数据库,导出含主键(索引)字段的若干表,导出文件为.csv文本文件,每个文件不超过20GB•.csv文件导入SAS,若发生错误,使用PilotEDIT文本编辑器手工修正•SAS编程,数据探索,重设数据格式•SAS编程,发现逻辑错误并处理•SAS编程,按主键重建数据库•SAS编程,统计描述,初步数据挖掘数据库拆分示例•SQL程序:createtablem2015asselectids,c1,e1,g1,i1,c2,e2,g2,i2,k2fromN12_CYBR_2015•本程序导出10个字段(总字段270)其中ids为主键,完成后导出.csv文件,文件大小约10GB,再由SAS读取转储为SAS数据文件。•用时:ORACLE24~72hSAS小于1h数据导入的困难—非法字符•需手动查找修改(PolitEDIT界面截图)导入的数据所有字段均为字符型(SAS数据结构截图)数据探索-单变量值列表SASProcFREQ结果入院时间SAS编程,重设数据格式示例•将字符设为SAS时间(入院日期)dataa11;setw.g7;x=compress(g7,"-");y=input(x,yymmdd8.);formatyyymmdd10.;yr=year(y);mth=month(y);wk=weekday(y);dataa11;seta11;keepwyyrmthwk;labely="入院日期"yr="year"mth="月份"wk="星期";renamey=g7;run;入院时间重设结果数据探索-单变量值列表SASProcFREQ结果国籍数据清洗示例-国籍保留合法字符值并计算派生指标•只保留3位大写字母值的记录,其他设为“ERROR”dataa5;setw.k2;ifNOT(65<=rank(substr(k2,1,1))<=90&65<=rank(substr(k2,2,1))<=90&65<=rank(substr(k2,3,1))<=90)thenk2="ERROR";keepk2count;renamecount=w;•产生派生指标是否为中国大陆,并完成数据清洗dataa5;seta5;ifk2="CHN"thennation="中国大陆";elseifk2="ZZZ"ork2="ERROR"thennation="missing";elsenation="其他";ifk2="CHN"thenforeign=0;elseifk2="ZZZ"ork2="ERROR"thenforeign=0;elseforeign=1;run;左:将所有错误数据赋值“ERROR”右:利用派生指标分析结果技术路线:重建数据库•将拆分的多...

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