DIP主目录的编制方式为对病例依据疾病主诊断亚目与治疗方式组合进行穷举与聚类｡然后根据病例数临界值来区分综合病种与核心病种。

将不属于常见病种的疾病，发生例数较少而在建立病种分值库时未单列的病种，归为一个病种并使用同一的分值的情况。目前通过大数据确定的治疗方式属性包括保守治疗、诊断性操作、治疗性操作、相关手术 4 个分类对综合病种进行分组。

 综合病种的分类过程：

（1） 保守治疗组

  将未包含手术及操作的组合作为保守治疗组合，按照诊断分类（ICD-10 第一位）进行聚类。

（2） 诊断性操作组

将操作（ICD-9-CM3 医保 V1.0 版）属性为“诊断性操作”的组合，构建诊断性操作组。

（3） 治疗性操作组

将操作（ICD9-CM-3 医保 V1.0 版）属性为“治疗性操作”的组合，形成治疗性操作组。

并依据严重程度分为三个等级：

① III 级包含呼吸机、气管插管、临时起搏器、中心静脉压监测等操作

②  II 级包含血液透析、骨髓穿刺等操作

③  I 级 ：其他操作归入 I 级。

（4） 相关手术组将操作：

（ICD9-CM-3 医保 V1.0 版）属性为“手术”的组合，叠加主诊断类目（ICD-10 医保 V1.0 版前三位）聚类形成相关手术组，并进一步按手术操作所对应的复杂程度、资源消耗程度拆分为 I、II、III 三个等级。

综合病种以再次收敛的形式建立分组，解决了分组过细操作不便、分组过粗交叉互补严重的问题，以客观的方式直观表达综合病种的数据特征。

病种分值库中排除基层病种后，统筹地区全年实际发生病例数达到一定数量（如5-15例以上）的病种。

目前某些DIP试点区域已经发现DIP病种目录库存在以下这些情况：

尽量避免使用残余类目，否则将导致所获分值偏差，数据准确率低，导致DIP目录库更新迭代遇到阻碍。