国家临床专科能力评估每4年为一周期，遵循公平、公正、公开的原则，以医疗服务能力和质量安全为核心，以临床客观数据为基础，采用科学量化的方式进行，保障评估工作的科学性、客观性、规范性和权威性。评估方向分为重大专病、系统疾病领域、平台专科三个类别，从医疗服务能力、技术能力（含创新能力）、质量安全和服务效率4个维度进行评估，评估结果以百分制的“临床专科能力综合指数（CSCCI）”呈现，帮助各地和各医疗机构了解自身在临床专科能力建设方面的长处和短板，指导各地和各医疗机构更加科学地制订自身临床专科能力建设规划。
